هیأت ممیزه دانشگاه شهید باهنر کرمان فعالیت خود را در شهریور ماه 1378 به همت آقای دکتر علی مصطفوی رئیس وقت دانشگاه از طریق أخذ مجوزهای لازم از وزارت عتف آغاز نمود و پس از مدت کوتاهی امور مربوط به هیأت ممیزه دانشگاه های منطقه جنوب شرق را نیز تحت پوشش فعالیت های خود قرار داد و با عنوان "هیأت ممیزه دانشگاه های منطقه جنوب شرق" ادامه یافت با فعال شدن هیأت ممیزه در دانشگاه شهید با هنر و ایجاد انگیزه و رقابت نزدیک و سازندة فعالیت های علمی و پژوهشی بین اعضای هیأت علمی کوشا و توانای دانشگاه های منطقه، دانشگاه های سیستان و بلوچستان، یزد، زابل، ولی عصر(عج) بحد نصاب تعداد دانشیار و استاد برای تأسیس هیأت ممیزه مستقل رسیدند و هم اکنون دارای هیأت ممیزه مستقل هستند، این هیأت فعالیت خود را به ریاست آقایان دکتر احمد امیری خراسانی، دکترنصرالله گرامی، دکتر محمّدجواد فدایی فتح آبادی و دکتر محمّد علی طاهر آمار بسیار مطلوبی در ارتقا اعضای هیأت علمی منطقه جنوب شرق و استان کرمان در کارنامه دارد، هیأت ممیزه دانشگاه شهید باهنر کرمان هم اکنون دانشگاه های هرمزگان، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فنّاوری پیشرفته ماهان، دانشگاه جیرفت، دانشگاه صنعتی سیرجان، مجتمع های آموزش عالی بافت، بم و زرند را تحت پوشش دارد.