فعالیتهای اجرایی اداره کل امور دانشجویان شاهد وایثارگر دانشگاه شهید باهنر کرمان ابتدا در زمان جنگ تحمیلی 8 ساله استکبار بر علیه ایران در سال 1365 با عنوان معاونت دفاعی با نظارت مستقیم رئیس دانشگاه شروع شد. اهداف عمده در آن زمان سازمندهی واعزام دانشجویان داوطلب شرکت در جنگ و همچنین رسیدگی به مسائل آموزشی تحصیلی دانشجویان رزمنده بود. آگرچه آمار دقیقی از تعداد دانشجویان اعزامی به جبهه توسط معاونت دفاعی دانشگاه شهید باهنر در دست نیست ولی تعداد 35 نفر از عزیزان اعزامی به جبهه به درجه رفیع شهادت نائل آمدند. با مصوبه شورای عالی انقلاب فرهنگی به شماره 374 تاریخ 20/12/70 ادارات کل امور دانشجویان شاهد وایثارگردر سال 1370 در دانشگاه ایجاد گردید که تاکنون به فعالیت اجرایی خود ادامه می دهد. اداره کل امور دانشجویان شاهد وایثارگر دانشگاه اکنون حدود 1020نفر دانشجو را شامل می شود که تعداد250نفر از این دانشجویان وابسته به مراکز آموزش عالی غیر انتفاعی شهر کرمان هستند. از نظر تعداد دانشجو این اداره کل درردیف پنجم دانشگاههای کشوربوده که دانشگاه تهران با بیش از 2000 نفر در ردیف نخست می باشد.
با عنایت به فرامین بنیانگذار نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران حضرت امام خمینی (ره) و رهبر فرزانه انقلاب حضرت آیت ا... خامنه‌ای (مد ظله العالی) در خصوص رسیدگی همه جانبه به امور آموزشی، فرهنگی و رفاهی یادگاران معزز شهدا و ایثارگران و ضرورت ارائه خدمات شایسته به این عزیزان و ارتقاء سطح علمی و فرهنگی دانشجویان معزز شاهد و ایثارگر، اداره کل امور دانشجویان شاهد و ایثارگر در کلیه دانشگاه‌ها (به عنوان مرجعی برای رسیدگی به امور آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و رفاهی دانشجویان معزز شاهد و ایثارگر)، تاسیس گردید و اهداف آن به شرح زیر است:

-ترویج فرهنگی ایثار و شهادت و حفظ و حراست از آثار و پیام شهیدان و ایثارگران

-ارائه خدمات شایسته با حفظ عزت و کرامت به دانشجویان شاهد و ایثارگر در راستای ارتقای وضعیت آموزشی، فرهنگی و رفاهی آنان

-زمینه‌سازی برای مشارکت فعالانه دانشجویان شاهد و ایثارگر در عرصه‌های علمی، فرهنگی، پژوهشی، تحقیقاتی و اجتماعی در جهت رشد و تعالی بیشتر آنان